服務介紹
凝膠遷移或電泳遷移率檢測（Electrophoretic Mobility Shift Assay，EMSA）是一種檢測蛋白質和DNA序列相互結合的技術，可用於定性和定量分析。目前已用於研究DNA結合蛋白和特定的DNA序列的相互作用，是轉錄因子研究的經典方法。
驗證型EMSA
⽤於驗證探針是否含有可與蛋⽩質結合的位點。將結合位點突變，以突變探針為對照，野⽣型探針出現遷移條帶，⽽突變探針未出現遷移條帶，則說明該探針含有可與蛋⽩質結合的位點。
競爭型EMSA
探針序列不變，不含修飾基團的探針稱為冷探針。冷探針與標記探針競爭性地與蛋⽩結合，冷探針不顯影出遷移條帶。以冷探針為對照，標記探針出現遷移條帶，⽽冷探針遷移條帶減弱或消失，則排除了假陽性⼲擾，增加實驗結果準確性。
超遷移EMSA
使⽤⽬標蛋⽩的特異性抗體，蛋⽩-探針複合物被抗體識別並結合，該三聚複合物在凝膠電泳中，遷移速率再次增⼤，出現在蛋⽩-探針複合物的上⽅的超遷移條帶，驗證了探針與⽬的蛋⽩的特異性結合。
服務優勢
- 直接測定蛋白質與核酸的相互作用，提供定性和定量信息。
- 可用於研究多種類型的相互作用，如特異性結合、非特異性結合、序列特異性等。
- 技術簡單，實驗操作相對容易。
- 可以使用不同的標記方法和檢測技術進行適應不同實驗需求。
服務流程
客戶提供
需提取核蛋白的細胞＞10^7，動物組織不少於400 mg，植物組織不少於2 g，建議客戶在金開瑞表達重組蛋白；
探針序列；
如使用結合蛋白特異性抗體，抗體50 μL以上，濃度大於0.5 mg/mL。
服務說明
特別說明：
▶ EMSA亦可⽤於研究RNA結合蛋⽩和其相關RNA序列的相互作⽤
▶ 如需要做超遷移，需提供IP級別的抗體
▶ EMSA與酵⺟單雜交，可共同驗證同⼀個問題
| 服務名稱 | 服務內容 | 交付內容及標準 | 服務周期(工作日) |
| DNA探針標記 | 探針標記及合成 (≤59bp) | 探針退火最少1次 (1組探針退火1次) | 7-10 |
| 探針標記及合成 (60bp-300bp) | 蛋白孵育最少1次 | 12-16 | |
| RNA探針標記 | 探針標記及合成 (＜60bp) | 探針標記 | 7-10 |
| EMSA | EMSA | 10個泳道（包含陰性和陽性對照） | 10 |
案例展示
常見問題與解析 (Q&A)
凝膠遷移或電泳遷移率檢測（Electrophoretic Mobility Shift Assay，EMSA）是一種檢測蛋白質和DNA序列相互結合的技術，可用於定性和定量分析；目前已用於研究RNA結合蛋白和特定的RNA序列的相互作用，是轉錄因子研究的經典方法。 金開瑞提供EMSA檢測技術服務，幫助您檢測DNA結合蛋白、RNA結合蛋白、特定的蛋白質，並可進行未知蛋白的鑒定。
當客戶用組織或細胞核蛋白進行實驗時，無法確定與探針結合的具體蛋白，需要再提供要研究的抗體，再進行supershift實驗。如果抗體能識別與探針結合的蛋白，則會出現一條超遷移條帶，即可證明探針與蛋白的結合。需客戶提供IP級別的抗體。
使用天然組織細胞樣本進行實驗，通過抽提核蛋白獲取目的蛋白，此為混合蛋白，如要確定某個蛋白結合於探針時，需要加入抗體觀察是否形成超遷移條帶。可以通過重組蛋白表達係統（如金開瑞的大腸、酵母、哺乳、無細胞等）獲得特定的重組蛋白，後續實驗中如出現遷移條帶，則應源於該蛋白的結合作用。
除了探針序列具有理論預測性、本身屬於探索性實驗的情況之外，組織細胞中該轉錄因子豐度較低、隻在特定條件階段表達，特定蛋白同DNA結合需要一定的離子或輔助因子條件（如Mg2+、Zn2+、ATP），重組表達蛋白在DNA結合活性方麵同天然蛋白存在差異，結合力較弱，需要其他蛋白間接作用於DNA等情況下，都難以獲得遷移條帶。此外，當研究的蛋白本身pI較大（如大於8.0），蛋白在native電泳中將難以隨同DNA一起向陽極泳動，或在電泳最初階段同DNA解離開。
相關技術服務
| ▶ 修飾/標記引物 | ▶ 雙熒光素酶報告係統 | ▶ 酵母單雜交 |
| ▶ CO-IP | ▶ RNA pull-down | ▶ RIP-qPCR |
| ▶ DNA pull-down | ▶ ChIP-qPCR | ▶ 酵母單雜交 |
| ▶ CUT&Tag | ||
相關資源
1、EMSA的實驗步驟
▶ 準備蛋白質和核酸：獲得目標蛋白質和相應的DNA或RNA探針。蛋白質可以是純化的重組蛋白質或細胞提取物。
▶ 準備核酸標記：對DNA或RNA探針進行標記，常見的標記方式包括放射性標記（例如32P或35S）或非放射性標記（例如熒光標記或生物素標記）。
▶ 反應混合：將標記的核酸探針與蛋白質樣品混合，添加反應緩衝液，包括緩衝鹽、非特異性競爭物和非特異性DNA或RNA。
▶ 反應進行：將反應混合物在適當的溫度和時間下孵育，以促使蛋白質與核酸結合形成複合物。
▶ 電泳：將反應混合物加載到聚丙烯酰胺凝膠電泳槽中，進行電泳分離。在非變性條件下進行電泳可以保持蛋白質與核酸的結合。
▶ 凝膠固定和成像：電泳結束後，凝膠固定並進行成像，例如通過放射線照射敏感的凝膠後，通過放射自顯影或熒光成像檢測標記的核酸探針。
▶ 結果分析：分析凝膠圖像，觀察是否有蛋白質-核酸複合物的形成。蛋白質-核酸結合會導致遷移速度的減慢或帶移動位置的改變。
2、EMSA的應用
EMSA（Electrophoretic Mobility Shift Assay）是一種常用的實驗技術，用於研究蛋白質與核酸（DNA或RNA）之間的相互作用。它在許多研究領域中得到廣泛應用，包括但不限於以下幾個方麵：
● 轉錄因子研究：EMSA可用於研究轉錄因子與DNA的結合。通過分析轉錄因子與特定基因啟動子或調控元件的結合能力，可以揭示基因調控網絡和轉錄調控機製。
● RNA結合蛋白研究：EMSA可用於研究RNA結合蛋白（RNA-binding proteins，RBPs）與RNA的相互作用。通過探究RBPs與目標RNA序列的結合，可以了解RBPs在轉錄後調控、RNA穩定性和翻譯調控等過程中的功能。
● DNA修複和損傷識別：EMSA可用於研究DNA修複酶和損傷識別蛋白與DNA損傷位點的結合。通過分析這些相互作用，可以深入了解DNA修複機製和DNA損傷應答通路。
● 藥物篩選和藥物靶點研究：EMSA可用於篩選和評估潛在藥物分子與特定DNA或RNA序列的結合能力。通過檢測藥物與靶點的相互作用，可以評估藥物的親和力和選擇性，為藥物開發和靶向治療提供重要信息。
● 基因調控網絡研究：EMSA可用於研究基因調控網絡中的轉錄因子與調控元件之間的相互作用。通過分析轉錄因子與特定啟動子或增強子序列的結合，可以揭示基因調控網絡的結構和功能，以及轉錄因子在調控基因表達中的作用。
● 疾病相關基因的功能研究：EMSA可用於研究與疾病相關的基因的功能調控。通過分析疾病相關基因的啟動子、增強子或調控元件與轉錄因子的結合，可以了解這些基因的調控機製和與疾病相關的功能變化。
3、蛋白質與核酸之間的相互作用有哪些，常用哪些技術去檢測？
▶ 蛋白質與核酸之間的相互作用包括轉錄因子與DNA的結合、RNA結合蛋白與RNA的結合以及其他蛋白質與DNA或RNA的相互作用等。常用的技術用於檢測這些相互作用的方法包括：
▶ 電泳遷移實驗（Electrophoretic Mobility Shift Assay, EMSA）：通過電泳遷移分析蛋白質與DNA或RNA結合的遷移差異。該方法基於蛋白質與核酸結合後形成複合物的遷移速度不同，可定性分析相互作用的存在與否。
▶ 共沉澱實驗（Co-precipitation Assay）：利用特定的親和劑或抗體富集與目標蛋白質相互作用的DNA或RNA分子。該方法可用於定性和定量分析相互作用的強度和特異性。
▶ 免疫共沉澱實驗（Immunoprecipitation, IP）：利用特定抗體選擇性地富集目標蛋白質及其結合的核酸。該方法通過蛋白質-抗體互作用實現蛋白質與核酸的聯結，可用於鑒定和定量分析相互作用的蛋白質和核酸分子。
▶ 酵母雙雜交（Yeast Two-Hybrid, Y2H）：通過利用酵母細胞內的轉錄激活和檢測係統，研究蛋白質與蛋白質之間的相互作用。該方法可用於篩選和鑒定蛋白質-蛋白質相互作用的交互配對。
▶ 表麵等離子共振（Surface Plasmon Resonance, SPR）：通過監測蛋白質與核酸相互作用引起的光信號變化，實時測量它們的結合動力學和親和力。該技術可提供定量的結合強度、關聯和解離速率等信息。
▶ RNA pull down：利用特定的RNA分子富集與目標RNA結合的蛋白質。該方法可用於鑒定與RNA相互作用的蛋白質，從而揭示RNA的功能和調控機製。
▶ DNA pull down：利用特定的DNA序列富集與目標DNA結合的蛋白質。該方法可用於研究與DNA結合的蛋白質，如轉錄因子和其他DNA結合蛋白質。
