服務介紹
RIP技術（RNA Binding Protein Immunoprecipitation Assay，RNA 結合蛋白免疫沉澱）主要是運用針對目標蛋白的抗體把相應的RNA-蛋白複合物沉澱下來，然後經過分離純化就可以對結合在複合物上的RNA 進行q-PCR驗證或者測序分析。RIP 是研究細胞內RNA與蛋白結合情況的技術，是了解轉錄後調控網絡動態過程的有力工具，可以幫助我們發現miRNA的調節靶點。
服務優勢
- 高靈敏度和高特異性：RIP技術能夠高度富集RNA和與之相互作用的蛋白質，具有較高的靈敏度和特異性
- 低樣本量要求：RIP技術可以在較少的細胞或組織樣本中進行實驗，減少實驗成本和樣本需求
- 適用於多種RNA種類：RIP技術適用於不同類型的RNA研究，包括長鏈非編碼RNA和編碼RNA
- 不需要事先了解RNA-蛋白質相互作用的信息：可用於探索未知的RNA-蛋白質相互作用
- 可量化分析：RIP技術可以進行定量分析，評估不同條件下的相互作用的強度和穩定性
- 結合其他技術的聯合應用：RIP技術可以與其他技術相結合，如RNA測序、蛋白質組學和轉錄組學等，進行綜合分析，深入揭示RNA-蛋白質相互作用的功能和調控機製
服務流程
客戶提供
目的蛋白抗體（可用於IP）及其說明書；
需檢測的細胞樣品；
目的基因、目的蛋白信息。
最終交付
- 原始數據、結果圖片（包括陰性對照結果）；
- 標準實驗報告（包括詳細的材料與方法）；
- SCI標準Result Figure。
服務說明
| 服務名稱 | 服務內容 | 交付內容及標準 | 服務周期(工作日) |
| RIP-q-PCR （Protein-RNA） |
RIP前WB | 1個樣本，1個抗體 | 20 |
| RIP | 富集2次：IgG、IP各1次 | ||
| RIP後WB | IgG，IP，input各1次 | ||
| QPCR | IgG，IP，input各1個泳道 | ||
| Ago2-RIP （miRNA-RNA） |
QPCR檢測目的RNA 的本底表達 | 含miRNA過表達和對照組，每組含IgG、Ago、Input檢測 | 28 |
| RIP | 富集2次：IgG、IP各1次 | ||
| QPCR | IgG，IP，input各1個泳道 |
案例展示
常見問題與解析 (Q&A)
（1）已知蛋白與已知RNA互作QPCR驗證；已知蛋白與未知RNA互作二代測序篩選。 （2）已知RNA與已知RNA互作QPCR驗證；已知RNA與未知RNA互作二代測序篩選。
理論上，可以采用能分別抽提核漿蛋白的蛋白抽提kit先分離樣本，再進行RIP實驗。但需要特別注意的是所用kit中的reagent不能有RNase和DNase，以及要能與下遊的抗體beads孵育兼容。
相關技術服務
相關資源
1、RIP技術的實驗步驟
● 細胞提取：從細胞中提取總蛋白質，包括RNA結合蛋白質
● 免疫共沉澱：將提取的細胞蛋白質與特異性抗體結合，形成免疫複合物
● 沉澱：使用蛋白A/G磁珠等具有親和性的材料，將免疫複合物沉澱下來
● 洗滌：通過洗滌步驟去除非特異性結合的蛋白質
● 逆交聯：將免疫複合物與RNA解離，並逆交聯，釋放RNA分子
● RNA提取：從逆交聯的樣品中提取RNA
● 分析：對提取的RNA進行定量PCR、RNA測序或其他RNA分析方法，用於鑒定與特定RNA相互作用的蛋白質
2、RIP技術的應用
● RNA調控網絡的研究：RIP技術可以幫助我們揭示RNA-蛋白質相互作用在基因調控中的作用。通過鑒定與特定RNA相互作用的蛋白質，我們可以了解RNA的轉錄、剪接、穩定性和翻譯等方麵的調控機製，從而揭示RNA調控網絡的複雜性和動態性。
● 疾病相關的RNA-蛋白質相互作用研究：RIP技術可以用於研究與疾病相關的RNA-蛋白質相互作用。通過比較疾病樣本和正常樣本中的RNA-蛋白質相互作用，我們可以發現與疾病發生和發展密切相關的RNA-蛋白質相互作用，從而提供新的疾病診斷和治療靶點。
● 新型RNA結合蛋白質的發現：RIP技術可以幫助我們發現新的RNA結合蛋白質。通過鑒定與特定RNA相互作用的蛋白質，我們可以發現那些在傳統方法中未被發現的RNA結合蛋白質，從而揭示更多未知的RNA功能和調控機製。
● RNA-蛋白質相互作用在藥物研發中的應用：RIP技術可以在藥物研發過程中發揮作用。通過研究特定藥物對RNA-蛋白質相互作用的影響，我們可以評估藥物的效果和安全性，為藥物研發提供重要的信息和指導。
3、RIP實驗結果不如預期如何優化
（1）低信號強度：如果RIP實驗的信號強度較低，可能是由於以下原因：
▶ 優化抗體濃度：嚐試調整抗體的濃度，增加或減少抗體的用量，以獲得更好的信號與噪音比。
▶ 增加孵育時間：延長孵育時間可以增加目標RNA和蛋白質的結合，從而提高信號強度。
▶ 優化實驗條件：調整反應溫度、緩衝液成分等實驗條件，以最大化結合效率。
（2）高背景噪音：如果RIP實驗存在較高的背景噪音，可能需要考慮以下優化措施：
▶ 優化洗滌步驟：增加洗滌步驟的次數和強度，以有效去除非特異性結合物質，減少背景噪音的幹擾。
▶ 優化抗體選擇：確保選擇具有較低非特異性結合能力的抗體，以減少背景信號。
▶ 增加陰性對照：引入適當的陰性對照，如使用非特異性抗體或非相關RNA序列，以幫助區分真實信號和背景噪音。
（3）非特異性結合：如果RIP實驗存在非特異性結合問題，可以嚐試以下優化策略：
▶ 優化洗滌條件：增加洗滌緩衝液的濃度和洗滌時間，以更徹底地去除非特異性結合物質。
▶ 使用更嚴格的陰性對照：選擇更具特異性的陰性對照，確保它與目標RNA不存在相互作用。
▶ 預實驗和對照實驗：進行預實驗和對照實驗，以驗證特異性結合並排除非特異性結合的影響。
（4）結果不一致或不可重複：如果RIP實驗結果在重複實驗中存在不一致或不可重複的問題，可以考慮以下優化措施：
▶ 增加實驗重複次數：增加實驗的重複次數，以提高結果的一致性和可靠性。
▶ 核對實驗步驟：仔細核對實驗步驟，確保實驗操作的一致性和準確性。
▶ 校準實驗條件：重新校準實驗條件，包括反應時間、溫度和孵育條件等，以確保實驗的可重複性。
