服務介紹
iTRAQ（isobaric tags for relative and absolute quantitation）技術是由AB SCIEX公司研發的一種體外同重同位素標記的相對與絕對定量技術，利用多種同位素試劑標記蛋白多肽N末端和賴氨酸側鏈基團，經高精度質譜儀串聯分析，可同時比較多達8種樣品之間的蛋白表達量，是近年來定量蛋白質組學中應用廣泛的高通量篩選技術。
TMT（Tandem Mass Tags）也是一種同位素標記技術，與iTRAQ類似，TMT標簽的樣本在質譜中產生相同質量的離子片段，但由於不同標簽的化學特性不同，它們在質譜中產生不同的離子信號。通過測量離子片段的信號強度比例，可以實現多樣本蛋白質的相對定量。
iTRAQ和TMT技術在定量蛋白質組學研究中被廣泛應用，可以用於比較不同樣本之間的蛋白質表達水平，尋找生物標誌物，研究細胞信號通路等，為生物學和醫學研究提供了強大的工具。
服務優勢
- 自動化程度高：液質連用，自動化操作，分析速度快，分離效果好；
- 靈敏度高：分級分離，降低樣品複雜度，檢測出較低豐度蛋白；
- 高通量：可同時對8個樣本（iTRAQ)或10樣本(TMT)進行分析，特別適用於采用多種處理方式或來自多個處理時間的樣本的差異蛋白分析；
- 結果可靠準確：定性與定量同步進行，同時得出鑒定和定量結果，重複樣品間的蛋白表達量相關性高。
服務流程
客戶提供
需比較的樣品；
樣品信息單：需詳細填寫樣品來源、含量、狀態及其他基本信息
最終交付
- 實驗報告一份，含具體實驗流程及蛋白質組鑒定及定量結果（生物信息學分析）。
- 生物信息學分析內容包括：1. iTRAQ鑒定：包括鑒定結果統計、重複性分析、Unique肽段數分布、肽段長度分布、蛋白覆蓋度分布；2. iTRAQ定量：包括定量信息統計、蛋白質豐度比（FC）分布、表達量層次聚類分析；3. 蛋白質功能注釋：包括GO注釋、COG注釋和Pathway代謝通路注釋；4. 差異蛋白的富集分析：包括差異蛋白的GO富集分析、差異蛋白的Pathway富集分析。
服務說明
| 產品類型 | 項目周期 | 技術指標 | 樣本數量 |
| TMT定量蛋白質組 | 30個自然日 | 10個餾分，每個餾分1.5h質譜；或者1.5餾分，1h質譜 | 不少於6個樣 |
案例展示
常見問題與解析 (Q&A)
多個（每組最多8個）來源不同的蛋白樣品經過不同標簽標記後，可以合並後同時進行質譜分析。在每個肽段二級質譜圖上，相應每個樣品的報告離子強度用以表征該蛋白在不同樣品中相對含量的高低，而肽段碎片離子可用於蛋白的鑒定分析。是鑒定與定量同時進行的一種定量技術。
相關資源
1、iTRAQ和TMT技術的數據分析主要涉及質譜數據的解析、比較和定量，通常需要使用特定的蛋白質組學數據分析軟件或工具。
常見的數據分析軟件包括MaxQuant、Proteome Discoverer、Skyline，詳情如下表所述：
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軟件包名稱 |
簡介 |
主要功能 |
優點 |
網址 |
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MaxQuant |
MaxQuant是廣泛使用的蛋白質組學數據分析軟件，適用於iTRAQ和TMT技術的定量分析 |
鑒定蛋白質和肽段，定量比較 |
高度自動化的數據處理流程 |
www.coxdocs.org/doku.php?id=maxquant:start |
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Proteome Discoverer |
Proteome Discoverer由Thermo Fisher Scientific開發，用於蛋白質鑒定、差異分析、富集分析等 |
蛋白質鑒定、差異分析、富集分析等 |
與Thermo Fisher質譜儀器集成，功能全麵 |
www.thermofisher.com/proteinediscoverer |
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Skyline |
Skyline是目標蛋白質定量的質譜數據分析軟件，廣泛應用於iTRAQ和TMT技術的定量實驗 |
目標蛋白質定量、MRM、數據依賴性采集等 |
精確目標定量分析，靈活的數據處理工具 |
skyline.ms/ |
2、同位素標記技術（如iTRAQ和TMT）在蛋白質組學研究中有廣泛的應用
● 多樣本定量比較：iTRAQ和TMT技術允許同時比較多個樣本中蛋白質的表達水平，例如對不同生理狀態、疾病狀態、治療效果等進行定量比較，從而識別差異表達的蛋白質。
● 生物標誌物鑒定：這些技術可應用於尋找與疾病發展相關的生物標誌物，幫助診斷和治療疾病。通過比較病態和正常組織中蛋白質的表達差異，可以發現潛在的生物標誌物。
● 細胞信號通路研究：iTRAQ和TMT技術可以用於研究蛋白質相互作用和調控網絡，從而深入了解細胞信號通路的調控機製。
● 藥物研發：這些技術在藥物研發中發揮重要作用，可以評估藥物對蛋白質表達的影響，了解藥物的作用機製和潛在副作用。
● 個性化醫學研究：iTRAQ和TMT技術可用於個性化醫學研究，幫助識別與個體病理狀態相關的蛋白質標誌物，為精準醫療提供支持。
● 蛋白質修飾研究：這些技術可以用於研究蛋白質的翻譯後修飾，如磷酸化、甲基化、泛素化等，揭示蛋白質功能和調控的複雜性。
● 蛋白質亞定位研究：利用iTRAQ和TMT技術，可以研究細胞亞結構中蛋白質的表達差異，進一步了解蛋白質在細胞內的定位和功能。
3、iTRAQ/TMT定量蛋白組實驗流程
● 樣品製備：收集不同樣本的細胞或組織，進行蛋白質提取，並根據實驗設計進行處理和標記。iTRAQ和TMT標記劑通常通過對蛋白質樣品中的氨基基團進行化學修飾來引入同位素標記。
● 蛋白質消化：將標記後的蛋白質樣品進行消化，通常使用胰蛋白酶等蛋白酶對蛋白質進行降解，生成肽段。
● 分離肽段：將消化後的肽段通過高性能液相色譜（HPLC）或其他分離技術進行分離，以提高鑒定和定量的準確性。
● 質譜分析：使用質譜儀對分離後的肽段進行鑒定和定量。iTRAQ和TMT標記會在質譜中產生特定的離子信號，根據這些信號可以確定肽段的序列和相對豐度。
● 數據分析：使用專門的蛋白質組學數據分析軟件（如MaxQuant、Proteome Discoverer、Skyline等）對質譜數據進行解析、比較和定量。這些軟件可以幫助鑒定蛋白質、計算相對豐度，並進行統計學分析。
● 生物學解釋：對數據進行生物學解釋，通過差異分析和富集分析等方法，找出在不同樣本中表達差異顯著的蛋白質，尋找生物標誌物，研究細胞信號通路等。
